L’església de Sant Joan Baptista es troba al casc antic de Muro. Les festes patronals tenen l’inici i fi en ella. La Mare de Déu dels Desemparats és traslladada durant els dies festius des de la seua ermita fins a la parròquia, on roman 15 dies per a la seua veneració i adoració pels devots veïns de la localitat.
Edifici d’estil renaixentista, amb una sola nau voltada, amb quatre capelles a cada costat i dues sagristies entre les quals s’alçava l’altar major. Els arcs eren de rajola i les cantonades i portada principal de pedra llaurada amb motlures. Aquell temple va estar en ús fins a la construcció de l’actual parròquia, d’estil neoclàssic, inaugurat en 1837, sent el seu arquitecte Fra Vicente Cuenca.
Com a part del projecte de construcció del temple, hi havia el del retaule de l’altar major, que a més de la part destinada a la pintura havia de posseir unes figures escultòriques que rematarien el conjunt, uns àngels en la part central i estàtues d’Adán i Eva a les cantonades. La pintura del retaule es va realitzar entre els anys 1604 i 1607 sent el seu autor Jerónimo Rodríguez d’Espinosa, ajudat per Jaime Terol com a decorador. Componien el conjunt total nou taules, cinc de les quals es troben en el Museu Diocesà i es desconeix el parador de les restants. Avui dia, es troben en el Museu de la Catedral de València cinc taules que formen part del retaule major de l’antiga església de Muro. Es troben en mal estat de conservació, degut en part, a l’incendi patit al Palau Arquebisbal durant la guerra civil. La tècnica emprada pel pintor, és un tremp gras sobre taula.
En l’actualitat, en el retaule apareix la Verge dels Desemparats en el centre, ja que va ser proclamada patrona de Muro el 5 de març de 1907. A banda i banda apareix el copatró Sant Roc (antigament patró la vila) i Sant Francesc de Borja.
